Já o início da vida religiosa de Sinop foi marcado pela chegada do padre João Salarini,SJ, que em outubro de 1972, celebrou a primeira missa no acampamento da Colonizadora Sinop. Nos anos seguintes, ainda sem um templo, as celebrações dos sacramentos eram ministrados uma vez por mês na primeira sala de aula construída em Sinop na rua das Aroeiras, esquina com a rua das Primaveras. À frente da comunidade nascente estava o padre Antônio Heidler,SJ, então pároco de Vera. Foi nesta sala que foram realizados os primeiros batizados, novenas e primeira comunhão de Sinop.

No início de 1974, veio para a cidade o padre Geraldo da Silva Araújo, que passou a celebrar missas aos sábados, à noite, e aos domingos pela manhã, naquela mesma sala de aula. E, ainda por aquela época, foi formado o primeiro Grupo de Jovens local, denominado Juventude Católica de Sinop (JUCASI).

Também no ano de 1974, por ocasião dos preparativos para a fundação oficial de Sinop, iniciaram os trabalhos de construção da capela de Santo Antônio, no cruzamento da avenida das Sibipirunas com a das Embaúbas. Ali, foi celebrada a missa de fundação da cidade, pelo bispo D. Henrique Froenlich,SJ, da Diocese de Diamantino. Chegaram a Sinop as primeiras religiosas pertencentes à Congregação do Santo Nome de Maria, com a missão de "despertar, propagar e confirmar a fé do jeito de Maria", dedicando-se às atividades pastoral, educacional e de saúde. Neste pioneirismo, destacam-se os trabalhos das Irmãs Oda, Lídia e Adélis.

Dois anos depois no ano de 1976, foi construída a capela dedicada a Santo Antônio quando volta a Sinop o padre Salarini, que acabaria por se tornar uma das figuras de maior relevância na história de Sinop: ele foi o primeiro pároco da recém-construída Igreja de Santo Antônio.

Importante destacar que Santo Antônio foi escolhido como padroeiro da paróquia pelo colonizador Enio Pipino, que cultivava especial devoção ao santo. A devoção também acompanhou os primeiros moradores, alimentou a fé e a coragem do povo desbravador que enfrentou, com muita bravura e persistência os difíceis inícios do desenvolvimento da região. 

Em razão do aumento da população e, consequentemente, do advento de novos fiéis, a pequena igreja sofreu várias adaptações. Em 1976 ainda foi construído um pequeno salão de festas ao lado do templo que, além de atender festejos religiosos, também passou a abrigar eventos comunitários, como festas de aniversário e de casamento, confraternizações, etc.

Em 1978, as acanhadas instalações da capela deram lugar à construção da igreja propriamente dita, mas o material utilizado ainda era tábuas de madeira. 

Todo o trabalho realizado com o crescimento local, que se manteve constante e acelerado, resultaram na criação da Diocese de Sinop em 1982, abrangendo o centro-norte de Mato Grosso e o centro-sul do Pará. O papa João Paulo II designou, então, para dirigir a nova Diocese, o bispo D. Henrique Froenlich,SJ, o mesmo que, seis anos antes, havia celebrado a missa de fundação daquela modesta vila que, mais tarde, se transformaria na pujante e bela cidade de Sinop.

Em termos de estrutura física, as antigas edificações de 1976 (capela) e de 1978 (igreja) foram substituídas por uma nova construção no ano 2000, agora em alvenaria. Mais tarde em 2011, quando Pe. Ivo Mueller,SJ era pároco, a comunidade se mobilizou e deu-se início a construção da nova igreja, com linhas arquitetônicas modernas e diferenciadas, obra que terminou em 2017, quando o Pe. Hildo Inácio Rasch, SJ, era pároco. Hoje é a atual igreja matriz da Paróquia de Santo Antônio de Sinop. Uma maravilha! 

Atualmente a Paróquia Santo Antônio é constituída pela comunidade matriz de Santo Antônio, Todos os Santos e Nossa Senhora de Lourdes na região urbana de Sinop, e Nossa Senhora da Salete, São Marcos, São José, e Santa Luzia localizadas na Gleba Mercedes V.